גם כאשר אופן החשיבה בעייתי, ולא משרת את האדם, הוא נוטה לשמור עליו ולדבוק בו. בטיפול עובדים על הבנה של העיוותים בדפוסי החשיבה, ועל השינוי של דפוסים אלה.
כלומר, שינוי חשיבה ולאחר מכן שינוי התנהגות.
בטיפול נבנית תוכנית אישית טיפולית ממוקדת מטרה לכל מטופל.
המטופל לוקח חלק משמעותי בטיפול
בהצבת מטרות, ביצוע משימות ושעורי בית.

ניתן דוגמא לעיוותי חשיבה נפוצים שעובדים עליהם:
בין עיוותי החשיבה הנפוצים, שלרוב עומדים בבסיס של בעיות פסיכיאטריות שונות, ניתן לזהות נטייה להכללת־יתר: השלכה של מסקנות ממקרה אחד לכל המקרים הדומים לו.

עיוות נוסף הוא חשיבה קטסטרופלית: לחשוב תמיד על התוצאה הכי גרועה – עד לרמה הקיצונית ביותר. למשל, אדם שמפחד להיכשל בבחינה. הוא מדמיין תסריט שמתחיל בכך שהוא נכשל בבחינה, ומפליג רחוק הרבה יותר: הוא גם נכשל בקורס, לא עובר את השנה באוניברסיטה, ומפסיד את כל התואר שלקראתו הוא למד. כתוצאה מכך הוא מידרדר כלכלית, המשפחה שלו מזלזלת בו, והוא מתחיל לעבוד בעבודה שמשעממת אותו, או בכלל לא מוצא עבודה.

נשמע הגיוני? זהו מצב שעלול לקרות במציאות, אבל ישנם תרחישים הרבה יותר סבירים. לאדם הבהיר ברור שיש כאן תסריט גרוע הרבה יותר ממה שצפוי לקרות במציאות – שילוב של הכללת יתר וחשיבה קטסטרופלית.
הצלחת הטיפול מותנית כאמור בשיתוף פעולה אקטיבי של המטופל. הוא או היא מקבלים משימות, שיעורי בית, שעליהם לבצע.
בטיפול בפוביה, פחד ממשהו, נניח מכלבים, בשיטת חשיפה הדרגתית, המטופל יתבקש לרשום את המצבים השונים שמעוררים בו פחד. בשלב הבא, המטופל מתבקש לדרג את המצבים השונים, לפי דרגת הפחד המתעוררת, וליצור היררכיה, סולם של הפחד.

בהמשך, משתמשים בסולם זה כדי לחשוף את המטופל למצבים השונים באופן הדרגתי. מטופל יכול לקבל שיעורי בית, למשל לטייל ברחוב שבו הוא יודע שיש כלבים בחצר. לאחר שבוצעה משימה זו, יעבור המטפל למשימה הבאה בסולם: למשל, לטייל במקום שבו הוא יודע שיש כלבים שמטיילים ברחוב, או משוטטים חופשי. משימות כאלה ניתן להרכיב לפוביות נוספות, וגם בהפרעות נוספות.

עיקרון נוסף בבסיס הטיפול הוא שפחד מוביל להימנעות, והימנעות מגבירה את הפחד. כך נוצר מעגל קסמים גרוע – של פחד, הימנעות ממעשה, הסתגרות, הגבלה בתפקוד, התגברות של הפחד – וחוזר חלילה. מטרת הטיפול היא לקטוע מעגל זה, ולהפסיק את ההימנעות. במקביל תרד גם רמת הפחד, וכך הלאה.